Biologiczne przetwarzanie odpadów stwarza nowe rozwiązania w gospodarce odpadami. Wykorzystanie materiału biologicznego jako pełnowartościowego kompostu, brak generowania niebezpiecznych dla środowiska substancji chemicznych oraz produkcja biogazu to jedne z wielu pozytywnych aspektów wykorzystania procesów biologicznych do unieszkodliwiania odpadów. Instalacje te mogą powodować potencjalnie znaczące oddziaływania na środowisko, w tym zdrowie i życie ludzi. Należy zaznaczyć, że prawidłowa eksploatacja instalacji ogranicza oddziaływanie, a jednocześnie minimalizuje wpływ na środowisko. Podstawowe zagrożenia, to m.in.: przenikanie ścieków do gruntu i ekosystemów wodnych oraz emisja pyłów i substancji lotnych do atmosfery.
Zagrożenia dla wód podziemnych i powierzchniowych.
Główne zagrożenie dla wód podziemnych i powierzchniowych stanowią ścieki powstające z pryzm odpadów i innych procesów technologicznych oraz spływy wody opadowej. Kompostowanie odpadów wymaga utrzymania stałej wilgotności pryzm, co prowadzi do konieczności pozbycia się nadmiaru wody powstającej w procesie rozkładu biologicznego. Skład chemiczny powstających ścieków zależy od rodzaju i wieku kompostowanych odpadów. Zawierają one przede wszystkim duże ilości substancji organicznych, związków azotu mineralnego i fosforanów oraz podwyższone ilości metali ciężkich, gdzie najwyższe ich stężenie występuje w fazie obróbki wstępnej odpadów. Aby ograniczyć niekorzystny wpływ instalacji na bezpieczeństwo wód istotny jest odpowiedni dobór lokalizacji obiektu. Zakłady biologicznego przetwarzania odpadów należy budować na terenach, gdzie wody gruntowe zalegają głęboko oraz dążyć do jak największego ograniczenia kontaktu pryzm odpadów z wodami opadowymi.
Oddziaływanie na powietrze atmosferyczne.
Zakłady biologicznego przetwarzania odpadów nie stanowią zagrożenia dla czystości powietrza, jednak mogą generować duże ilości odorów. Pewne zagrożenie stanowi ruch pojazdów i praca urządzeń (emisja spalin) oraz wtórne pylenie z nawierzchni placów i dróg. Emisja pyłu stanowi największe zagrożenie podczas suchych miesięcy letnich. Jest ona związana głównie z transportem odpadów i ich obróbką mechaniczną.
Największy problem związany z biologicznym przetwarzaniem odpadów stanowi jednak wytwarzanie odorów. Odpady, które rozkładają się szybko (materia organiczna) są zdolne do produkcji związków o przykrym zapachu w dużych stężeniach. Odory powstałe w procesach biologicznego przetwarzania odpadów należą do kilku głównych grup (lotne kwasy tłuszczowe, amoniak i inne związki zawierające azot, ketony, związki aromatyczne oraz nieorganiczne i organiczne związki siarki), a ich rodzaj i intensywność zależy od składu przetwarzanych odpadów. Wśród metod dezodoryzacji gazów wykorzystuje się szeroki zakres mechanizmów
neutralizacji związków zapachowych. Do najczęściej stosowanych należą: absorpcja, adsorpcja, utlenianie i dodawanie środków maskujących i neutralizujących. Należy jednak podkreślić, że odór jest substancją niemierzalną. Poziomy zapachów nie mogą być badane, ponieważ w polskim systemie prawnym nie obowiązują normy prawne, które odnosiłyby się do zapachów.
Inne zagrożenia.
Poza możliwym oddziaływaniem na wody podziemne i powierzchniowe oraz powietrze atmosferyczne, wymienić można również inne możliwe zagrożenia dla środowiska generowane przez instalacje do biologicznego oczyszczania odpadów. Hałas jest nieodłącznym elementem obróbki odpadów i jest związany z ich przywozem oraz pracą urządzeń. W przypadku doprowadzenia kompostowanego materiału do przesuszenia i zbytniego przegrzania istnieje ryzyko zapłonu pryzm. Częstym powodem skarg ze strony mieszkańców najbliższych zabudowań jest również rozwiewanie odpadów. Zagrożenia, na które narażeni są w szczególności pracownicy obiektu, związane są z ich ekspozycją na obecne w zakładzie bioareozole, toksyczne związki chemiczne, nadmierny hałas oraz obrażenia w trakcie użytkowania sprzętu.