Wiele odpadów, powstających np.: w gospodarstwach domowych, zakładach przetwórczych czy w rolnictwie, może zostać wykorzystanych do przetwarzania biologicznego. Biologiczne przetwarzanie odpadów polega na wykorzystaniu mikrobiologicznych procesów do rozkładu zawartej w odpadach materii organicznej, inaczej zwanymi procesami „biodegradacji”. W związku z tym odpad, który może zostać wykorzystany jako surowiec do biologicznego przetwarzania, musi zawierać substancje organiczne i pokarmowe we właściwych proporcjach oraz charakteryzować się odpowiednim uwodnieniem i pH. O przydatności surowca do biologicznego przetwarzania decyduje przede wszystkim jego struktura, np. do kompostowania najczęściej wykorzystujemy odpady o strukturze porowatej, dobrze natlenione i o wilgotności od 50 % do 60 %, czyli np. odpady ogrodowe, natomiast odpady pozbawione struktury i o dużej wilgotności (np. osady ściekowe) bardziej nadają się do procesu fermentacji.
Wyróżnia się 5 grup odpadów nadających się do biologicznego przetwarzania:
1. Odpady z rolnictwa, sadownictwa, leśnictwa, łowiectwa i rybołówstwa:
- Odpady roślinne,
- Odpady zwierzęce,
- Odchody zwierzęce.
2. Odpady z przetwórstwa drewna, produkcji płyt i mebli, masy celulozowej, przemysłu skórzanego, futrzarskiego i tekstylnego.
3. Organiczne odpady ulegające biodegradacji z przemysłu spożywczego:
- Produkty pochodzenia zwierzęcego,
- Produkty pochodzenia roślinnego.
4. Biodegradowalne frakcje odpadów komunalnych łącznie z frakcjami gromadzonymi selektywnie.
5. Osady ściekowe oraz z uzdatniania wody pitnej i wody do celów przemysłowych.
Łącznie przemysły rolno – spożywczy, paszowy, zielarski i tytoniowy wytwarzają w ciągu roku ok. 10,7 mln Mg odpadów organicznych.
Wśród odpadów roślinnych, uzyskanie w wyniku działalności rolniczej pozostałości po żniwach (słoma) oraz po zbiorach warzyw i owoców, są doskonałym surowcem do produkcji wysokiej jakości kompostu. Wymagają one jedynie rozdrobnienia przed procesem kompostowania i fermentacji. Często są one również wprowadzane jako dodatkowe składniki do fermentorów gnojowicy.
Gnojowica powstaje z odchodów zwierzęcych stałych i ciekłych oraz niewielkiej ilości wody (pochodzącej z procesów technologicznych i poideł) i jest dobrym surowcem do produkcji biogazu. Szczególnie duże ilości biogazu uzyskać można z gnojowicy produkowanej są przez trzodę chlewną (74 % metanu), w następnej kolejności przez bydło (71% metanu). Ilości gazu uzyskiwane z fermentacji gnojowicy kształtują się na poziomie od 0,01 do 2,13 m3 na sztukę świni domowej na dobę.
Powstające w gospodarstwach domowych odpady poddawane są biologicznemu przetwarzaniu w postaci odpadów zmieszanych, bioodpadów lub pozostałych zmieszanych. Odpady zmieszane pochodzące z miast zawierają ponad 50 % składników nieulegających biodegradacji (np. szkło czy tworzywa sztuczne) i zawierają również odpady niebezpieczne. Z uwagi na powyższe, wprowadzono systemy selektywnego zbierania bioodpadów oraz odpadów zielonych. Obecnie zmieszane odpady komunalne poddaje się mechaniczno – biologicznym technologiom przetwarzania, które mają za zadanie przygotować odpady do ich składowania, termicznego unieszkodliwiania lub ponownego wykorzystania.